単著

太田博樹
Column 縄文人の血縁関係を古人骨のゲノム解析で調べる
第2章 お酒に弱い遺伝子とウンコの化石のゲノムから何がわかるか
「ゲノムでたどる古代の日本列島」 斎藤成也監修・著 山田 康弘、太田博樹、内藤 健、神澤秀明、菅 裕　著pp92–158. 2023年10月　東京書籍　ISBN：978-4-487-81661-3

太田博樹
「古代ゲノムから見たサピエンス史」　歴史文化ライブラリー565
2023年1月19日初版発行　吉川弘文館　ISBN978-4-64205965-7

太田博樹
「遺伝人類学入門―チンギス･ハンのDNAは何を語るか」
2018年5月10日第1刷発行　ちくま新書（筑摩書房） ISBN978-4-480-07138-5 C0245

太田博樹
遺伝子が映し出す進化の地形図　進化医学から捉えるルーツ探し
現代思想　特集：変貌する人類史, pp146-161.  2017年6月　青土社
ISBN978-4-7917-1346-2

太田博樹
ゲノム情報にもとづく人類学にとっての集団、
pp193-214. 人種神話を解体する2、科学と社会の知　Knowledge、坂野徹、竹沢泰子（編）東京大学出版会　2016年11月25日初版発行　
ISBN978-4-13-054142-8

共著

脇山由基、太田博樹
千葉県遺跡出土の古人骨DNAから見た縄文社会、In: 高橋龍三郎（編）　科学で読みとく縄文社会、
同成社　2022年3月24日第１版第１刷発行
ISBN978-4-88621-886-5

太田博樹、加藤和人、竹沢泰子、徳永勝士
日本におけるゲノム研究と集団の表象（座談会）
pp273-299. 人種神話を解体する2 科学と社会の知　Knowledge、坂野徹、竹沢泰子（編）　東京大学出版会　2016年11月25日初版発行　
ISBN978-4-13-054142-8

勝村啓史、太田博樹
性的二型の分子進化学的理解―メダカの尻鰭と性ステロイドホルモンー、
pp156 –173.  ホルモンから見た生命現象と進化シリーズⅢ、成長・成熟・性決定,伊藤道彦、高橋明義（共編）　裳華房　2016年5月1日第１版１刷発行
ISBN978-4-7853-5116-8

中込滋樹、太田博樹
出アフリカはゲノムに何をもたらした、In: 太田博樹、長谷川眞理子（共編）　ヒトは病気とともに進化した、
pp.87-123 シリーズ認知と文化　勁草書房　2013年12月25日第１版第１刷発行
ISBN978-4-326-19945-7