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ホモ・サピエンスは、出アフリカ以降に南極大陸を除く全ての大陸へ拡散しました。何故、サピエンスはあらゆる自然環境（高緯度・寒冷地・高地など）に、ごく短い期間（約6万年）で適応できたのでしょうか？本研究室は、この問いに対し、古代ゲノム解析を中心としたゲノム人類学により答えを出すことを目指しています。

古代ゲノム情報は古い生物遺物からDNAを抽出・精製し、次世代シークエンサにより塩基配列決定を行うことにより得られます。本研究室の最近の成果として、縄文人ドラフト全ゲノム配列解読が挙げられます。今後は、これまでに蓄積してきた古代ゲノム解析の技術と、得られたゲノム情報を活用した研究を発展します。

縄文人ゲノム情報は、東ユーラシアの現代人の集団史や農耕が始まる以前の人々の暮らしを明らかにする鍵となると考えられます。狩猟採集民だった縄文人はどのような婚姻システムを持っていたのか、ゲノム情報から探ることができます。また、縄文人は何を食べていたのでしょうか？本研究室は、糞石（糞便の化石）からのDNA抽出に挑戦し、縄文人の摂食物同定の技術開発を進めています。さらに私達は、現代日本人ゲノム中に存在する縄文人ゲノム断片（縄文人ハプロタイプ）を推定し、培養細胞を用いて現代人ハプロタイプとの遺伝子発現パターンの差を解析する実験系の構築を進めています。