ヒトゲノム多様性研究室へようこそ

現代人のゲノムには、祖先が経験してきた様々なイベント(自然選択、集団分岐、混血、移住、集団サイズの変化など)の痕跡が残っています。近年の塩基配列解析技術の進歩によって、集団レベルの進化に関する新たな仮説を提唱したり、それを検証するのに十分なデータを得ることができるようになりました。また、個々の遺伝子を詳細に解析することで、表現型と関連する多型の進化的意義やその遺伝子の機能的重要性を考察することもできます。私たちは、実験(ゲノム多様性解析)と理論研究(統計解析、数理解析)に基づき、ヒトの進化史、遺伝子型と表現型との関係、分子進化機構の解明を目指して研究を行っています。

トピックス

2019年6月17日
「Analysis of whole Y-chromosome sequences reveals the Japanese population history in the Jomon period」のプレスリリースをしました。こちらです。
2019年5月18日
現代日本人のY染色体の系図を調べ、縄文時代晩期から弥生時代初頭に起きた縄文人の人口変動(急激な人口減少と回復)を推定した博士3年の渡部裕介さんの論文「Analysis of whole Y-chromosome sequences reveals the Japanese population history in the Jomon period」がScientific Reportsに アクセプトされました。
2018年10月22日
第72回日本人類学会大会において、博士2年の渡部裕介さんが、ポスター発表最優秀賞を受賞しました。タイトルは、"合祖シミュレーションによる本土日本人の縄文人に由来する核ゲノム領域の抽出可能性の検討" です。
2018年4月2日
当研究室に、新たなメンバーが加わりました。
2018年3月29日
トンガ人集団およびソロモン人集団を対象に、CREBRF多型 (rs373863828) と血清脂質値 との関連を調べた論文「Association study of CREBRF missense variant (rs373863828:G>A; p.Arg457Gln) with levels of serum lipid profile in the Pacific populations」がAnnals of Human Biologyに アクセプトされました。
2018年3月22日
美田敏宏先生(順天堂大学)との共同研究論文「 Rapid selection of sulphadoxine-resistant Plasmodium falciparum and its effect on within-population genetic diversity in Papua New Guinea」がScientific Reportsにアクセプトされました。パプアニューギニアの熱帯熱マラリア原虫集団に出現した薬剤耐性変異は急速に広まりましたが、マラリア原虫集団の遺伝的多様性は減少していませんでした。マラリア原虫集団が遺伝的多様性を維持する上で、多重感染と組換えが重要な役割を果たしていることがわかりました。
2017年9月15日
ソロモン諸島に居住する人々(オーストロネシア語を話すメラネシア系住民) のmtDNAを調べたD1の一色さんの論文「Title: Mitochondrial DNA variations in Austronesian-speaking populations living in the New Georgia Islands, the Western Provinceof the Solomon Islands」が、Journal of Human Genetics にアクセプトされました(2017年9月15日)。ソロモン諸島のニュージョージア島に居住する人々のmtDNAハプログループ頻度がポリネシア人の頻度と近いことがわかりました 。ポリネシア人の集団史を探る上で重要な知見といえます。」

メンバー

ヒトゲノム多様性研究室は、2014年10月1日に誕生した研究室です。
2019年度は、研究員1名、博士課程大学院生2名、修士課程大学院生3名で研究を行っています。

研究室の主な業績(全業績は個人ページをご覧下さい)

2019
14) Watanabe Y, Naka I, Khor SS, Sawai H, Hitomi Y, Tokunaga K, Ohashi J, Analysis of whole Y-chromosome sequences reveals the Japanese population history in the Jomon period. Scientific Reports (in press)

2018
13) Isshiki M, Naka I, Nishida N, Furusawa T, Kimura R, Natsuhara K, Yamauchi T, Nakazawa M, Ishida T, Inaoka T, Matsumura Y, Ohtsuka R, Ohashi J (2018) Association of an intronic SNP of the EFEMP1 gene with height in Tongans. Meta Gene 17: 172-176.
12) Ohashi J, Naka I, Furusawa T, Kimura R, Natsuhara K, Yamauchi T, Nakazawa M, Ishida T, Inaoka T, Matsumura Y, Ohtsuka R. Association study of CREBRF missense variant (rs373863828:G>A; p.Arg457Gln) with levels of serum lipid profile in the Pacific populations. Annals of Human Biology 45: 215-219.
11) Issiki M, Naka I, Kimura R, Furusawa T, Natsuhara K, Yamauchi T, Nakazawa M, Ishida T, Ohtsuka R, Ohashi J (2018) Mitochondrial DNA variations in Austronesian-speaking populations living in the New Georgia Islands, the Western Provinceof the Solomon Islands. Journal of Human Genetics 63: 101-104.

2017
10) Nakayama K, Ohashi J, Watanabe K, Munkhtulga L, Iwamoto S (2017) Evidence for very recent positive selection in Mongolians. Molecular Biology and Evolution 34: 1936-1946.
9) Naka I, Furusawa T, Kimura R, Natsuhara K, Yamauchi T, Nakazawa M, Ataka Y, Ishida T, Inaoka T, Matsumura Y, Ohtsuka R, Ohashi J (2017) A missense variant, rs373863828-A (p.Arg457Gln), of CREBRF and body mass index in Oceanic populations. Journal of Human Genetics 62: 847-849.
8) Furusawa T, Naka I, Yamauchi T, Natsuhara K, Eddie R, Kimura R, Nakazawa M, Ishida T, Ohtsuka R, Ohashi J (2017) Polymorphisms Associated with a Tropical Climate and Root Crop Diet Induce Susceptibility to Metabolic and Cardiovascular Diseases in Solomon Islands. PLoS ONE 12: e0172676.
7) Yasukochi Y, Naka I, Patarapotikul J, Hananantachai H, Ohashi J (2017) Evolution of Fseg/Cseg dimorphism in region III of Plasmodium falciparum eba-175 gene. Infection, Genetics and Evolution 49: 251-255.
6) Yasukochi Y, Ohashi J (2017) Elucidating the origin of HLA-B*73 allelic lineage: Did modern humans benefit by archaic introgression? Immunogenetics 69: 63-67

2016
5) Dang TN, Naka I, Sa-Ngasang A, Anantapreecha S, Wichukchinda N, Sawanpanyalert P, Patarapotikul P, Tsuchiya N, Ohashi J (2016) Association of BAK1 single nucleotide polymorphism with a risk for dengue hemorrhagic fever. BMC Medical Genetics 17: 43.
4) Ohashi J, Naka I, Hananantachai H, Patarapotikul J (2016) Association of PECAM1/CD31 polymorphisms with cerebral malaria. International Journal of Molecular Epidemiology and Genetics, 7(2):87-94
3) Mita T, Culleton R, Takahashi N, Nakamura M, Tsukahara T, Hunja C, Win Z, Htike W, Marma A, Dysoley L, Ndounga M, Dzodzomenyo M, Akhwale W, Kobayashi J, Uemura H, Kaneko A, Hombhanje F, Ferreira M, Endo H, Ohashi J (2016) Little polymorphism at the K13 propeller locus in worldwide Plasmodium falciparum populations prior to the introduction of artemisinin combination therapies. Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 60(6):3340-3347

2015
2)Yasukochi Y, Naka I, Hananantachai H, Patarapotikul J, Ohashi J (2015) Genetic evidence for contribution of humandispersal to the genetic diversity of EBA-175 in Plasmodium falciparum. Malaria Journal, 14:293
1)Yasukochi Y, Satta Y (2015) Molecular evolution of the CYP2D subfamily in primates: Purifying selection on substrate recognition sites without the frequent or long-tract gene conversion. Genome Biology and Evolution, 7(4), 1053-1067

大学院生募集

博士課程・修士課程の大学院生を募集しています。当研究室の研究に興味のある方は、大橋までご連絡ください。
juno-tky☆umin.ac.jp (☆を@に変更してください)

アクセス

ヒトゲノム多様性研究室は、東京大学本郷キャンパス理学部2号館にあります。
〒113-0033 東京都文京区本郷7-3-1