PUBLICATIONS


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ORAL PRESENTATIONS






  RESEARCH GRANT


2017.Jun
-2022.Mar
新学術領域研究(領域提案型)計画班代表 
進化の制約と方向性  
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (proposed research area)
"Measuring molecular fluctuations of chordate developmental system and their relationship toward evolutionary conservation"
2017.Apr
-2020.Mar
挑戦的研究(萌芽) 代表 
胆道閉鎖症への母児間マイクロキメリズムの関与検証
Challenging Research (Exploratory)
"Testing possible contribution of maternal microchimeric cells to biliary atresia"                             
2016.Apr
-2017.Mar
中島記念国際交流財団 
発生システムのロバスト性評価による、動物発生進化の保守性解明
The Nakajima Foundation
"Tackling Conservative features of animal embryonic evolution by evaluation of developmental robustnessTesting possible contribution of maternal microchimeric"                             
2015.Nov
-2019.Mar
JST 戦略的国際共同研究プログラム 
棘皮動物と脊索動物の発生プログラムから目指す遺伝的進化度の構築
JST Strategic International Collaborative Research Program (SICORP) Japanese-Chinese Research Cooperative Program
"Genetic degree of evolution in Echinoderm and Chordate developmental programs"
2015.Apr.
-2016.Mar
武田科学振興財団     
母児間マイクロキメリズムと先天異常発症                            
Takeda Science Foundation                                                                                                                                                                 
2015.Apr.
-2018.Mar
若手研究 (A) 代表
発生時系列ゲノム情報展開から目指す脊索動物胚進化の一般則解明
KAKENHI Grant-in-Aid for Young Scientists (A)
"In search for a general tendency of chordate embryonic evolution by analyzing genetic expression patterns during development"
2013.Aug
-2017.Mar
複雑生命システム動態研究教育拠点                                                         
                                          
Research & Education Platform for Dynamic Living States                                               
                                                                
2012.Apr
-2015.Mar
基盤研究 (C) 代表 
脊椎動物胚発生の進化発生学的理解を目指す
KAKENHI Grant-in-Aid for Scientific Research (C), #24570243
"In search for a general tendency of chordate embryonic evolution by analyzing genetic expression patterns during development"
2010.Apr
-2015.Mar
新学術領域研究(領域提案型)計画班分担者 
カメの甲の新規形態パターンをもたらした発生機構の変化
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (proposed research area)
"Changes in developmental program in the acquisition of novel morphological patterns of the turtle shell"
2009.Apr
-2011.Mar
若手研究 (B) 代表
トランスクリプトーム解析によるファイロティピック段階の実体解明
KAKENHI Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
"Identification of vertebrate phylotypic stage by transcriptome analysis"
2007.Apr
-2008.Mar
萌芽研究 研究協力者
脊椎動物の発生拘束を担う遺伝子群の同定とその役割             
KAKENHI Grant-in-Aid for Exploratory Research                            
"Identification of genes involved in constrained stages of vertebrates"                              


KAKENHI, JSPS Research Fellowship for Young Scientists
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  MEETINGS ORGANIZED


2018
The 1st AsiaEvo 発起人, プログラム委員
The 1st AsiaEvo (Co-promoter, scientific committee)
2017
第50回 日本発生生物学会年会 準備委員
(プログラム委員長)
50th meeting of the Japanese Society for Developmental Biologists (Chair of Program Committee)
2015
第15回 日本進化学会年会 大会準備委員
15th Meeting of Society of Evolutionary Stdies, Japan (Organizing committee)
2013
第36回 日本分子生物学会年会 組織委員
The 36th Annual meeting of Molecular Biology Society of Japan (Organizing committee)
2012
第35回 日本分子生物学会年会 組織委員(IT委員会)
The 35th Annual meeting of Molecular Biology Society of Japan (IT committee)
2012
第2回 NGS現場の会 副大会長
2012
第1回 NGS現場の会 創設メンバー
2008
第1回 母児間免疫病研究会 発起人
1st meeting of the Materno-Fetal Immune disease
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  TEACHING / LECTURES



講義


東京大学 理学部 生物学科 動物発生学実習 (FY2013-)

東京大学 理学部 生物学科 進化発生生物学 (FY2013-)

東京大学 教養学部前期・後期 進化生物学 (FY2017-)

東京大学 教養学部前期・後期 現代生物学 (FY2017, 2019)

東京大学 全学体験ゼミナール

東京大学 大学院理学系研究科 生物科学専攻 発生学特論 (FY 2014-)

個体発生は系統発生を繰り返さない
鳥取大学 医学部 (2018.Nov.6)

[Statistics, R] 統計の考え方入門
大阪市立大学医学部 (2018.Jul.15)

Lecture at Kunming Institute of Zoology
"General relationship between ontogeny and phylogeny?" (2015.Sep.28), Kunming, China

[Statistics, R] 数式なしの統計入門と『R』を使った実際
ImageJ + R ハンズオン実習2014 平成26年度NAIST 植物グローバル教育プロジェクト(2014.Jun.12)

[EvoDevo]個体発生は系統発生をくりかえさない
慶應義塾大学 鶴岡キャンパス 概念構築講義 (2014.May.13) 鶴岡 慶應義塾大学

[Bioinformatics] カメ de novo ゲノムとRNAseqデータの異種間比較
第27回 DDBJing講習会 日本DNAデータバンクジャパン(DDBJ)主催 (2013.Jul.4) 三島 国立遺伝学研究所

[Statistics, R lecture] 数式なしの統計講座、そしてRソフトでの実際
やってみようよ!画像、統計、ゲノム・トランスクリプトーム解析ハンズオン実習 (2013.Jul.6) Nara Institute of Science and Technology

[NGS lecture] 新規脊椎動物ゲノム同定とRNAseqによる遺伝子発現プロファイル比較
次世代シーケンシングが切り開く医学研究と展望 (2012.Jul.31) Kyoto University Center for iPS Research and Application

[Bioinformatics lecture] 統計の初歩の初歩 ~検定はRプログラムで全部できます~
入江直樹 インフォマティクスセミナー 京都大学 Center for iPS Cell Research and Application (2012.Jan.19) 京都 [handbill]

[Statistics/Bioinformatics Hands-on lecture] 統計解析ソフトRとその活用:統計の誤用でこけないために
入江直樹 生命情報科学若手の会 沖縄セミナー 2011 (2011.Sep.2) Okinawa

Basic Medicine, Medical Biology course for pre-med students at Daigakuin-Yobiko
(3 classes/week 2008.Aug. - 2009.Mar.)

  Kyoto University Graduate School of Medicine/Biostudies/Science/Agriculture cross sectoral study sessions
(2008.Feb.12, 2008.Nov.14, 2009.Mar.5, all INVITED)



一般公開講演


進化発生生物学って何?
 国際生物オリンピック日本委員会 (2018.Aug.18), 東京

胎児期に刻まれた進化の痕跡
 関東支部公開講演会「塗り替えられる動物の進化の歴史」 (2017.Jul.22nd), 東京

聞こう!語ろう!考えよう! かたちの変化と生きものの進化
 JT生命誌研究館 (2016.Aug.20th), 大阪

第27回東大理学部公開講演会「理学の真実」(2015.Nov.20)
東京大学 理学部オープンキャンパス2015

理化学研究所 参加型サイエンストーク 「見出す」物語 2013


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  PEER REVIEW EXPERIENCES






 

  ADVISORY ROLES

2019 -
PRESTO "Multicellular system"
さきがけ「多細胞」(JST/戦略的創造研究推進事業)
Advisor (アドバイザ)ー
2018 -
Zoological Society of Japan, Kanto branch (日本動物学会 関東支部)
Committee member (委員)
2018 -
Society for Evolutionary Studies, Japan (日本進化学会)
Inspector (監事)
2016 - 2018
The 1st AsiaEvo Conference
Co-Promoter, Scientific Committee (発起人、プログラム委員)
2017 Jan -
Journal of Experimental Zology, Part B
Associate Editor
2016 Jan -
Zoological Letters
Associate Editor
2016 Jan - 2016 Dec
The Japanese Society of Developmental Biologists (日本発生生物学会)
Secretary-general (幹事長)
2013 Jan - 2015 Dec
Deputy secretary-general (副幹事長)
2016 Jan - 2017 Dec
Society for Evolutionary studies, Japan (日本進化学会)
Councilor (評議員)
2014 Jan - 2015 Dec
Executive member (執行部)
2012 Apr - 2015 Apr
Japanese Society for Quantitative Biology (定量生物の会)
core-member
2010 Jul 26 -
Faculty of 1000
Associate Faculty
2009 -
Study group for Materno-fetal Immune disease (母児間免疫病研究会)
Co-Promoter (発起人)

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  NEWS PAPERS/ MEDIA etc.


日経サイエンス2018年6月号「挑む」 p.8-11

日経新聞、財経新聞、Yahoo!ニュース、BIGLOBEニュース、ライブドアニュース、ニフティニュース etc. (2017.Feb.8)

日経新聞、朝日新聞、毎日新聞、産経新聞、読売新聞、NNNニュース etc. (2013.Apr.29)

研コミュ白書 NGS現場の会 (荒川和晴、入江直樹、谷上賢瑞、中村昇太)

細胞工学 vol.31 No.9 (2012) p.1060-1063 NIKKEI Newspaper

日本経済新聞 (日曜朝刊・科学欄) ~ナゾ科学~ 阿修羅や八岐大蛇、なぜいない? 2011.Jul.10 (in Japanese) >RIKEN Research [PDF] 2011.June Vol.6 Num. 6

科学新聞 4月15日夕刊:「脊椎動物の進化的に保存された発生段階は咽頭胚期 –理研スパコン使って明らかに-」
RIKEN News
2011.Mar.30 (in Japanese)

新学術領域・複合適応形質進化の遺伝子基盤解明 ニュースレター Vol.2 No. S1 号外 [PDF] (in Japanese)



HONGO, TOKYO, JAPAN.


 


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