東京大学理学部生物情報科学科へは教養学部の全科類から進学可能ですが、枠数および要求科目と要望科目の関係で、理科からの進学が中心となっています（高校生で生物情報科学科への進学を希望される方は、東京大学教養学部理科一・二・三類のいずれかへ入学してください）。

駒場生向けに、例年5月頃に駒場キャンパスで2年生向けの進学ガイダンス（理学部ガイダンス・生物情報科学科ガイダンス）を開催しているほか、本郷キャンパスで学科見学会を開催しています。また12月頃には、駒場キャンパスで1年生向けの進学ガイダンス（理学部ガイダンス）を開催しています。その他、例年4月から6月にかけて、生物情報科学科の教員が参加する大学院入試説明会（理学系研究科・新領域創成科学研究科）が開催されます。大学院入試説明会に駒場生が参加しても問題ありませんので、生物情報科学科の教員まで直接声をかけてください。いずれも、日程は生物情報科学科トピックスに掲載します。
また、上記に限らず、研究室見学を随時受け付けています。興味のある研究室の教員へ、直接メールで連絡してください。

これまでの卒業生の多くは東京大学大学院理学系研究科生物科学専攻、または生物情報科学科における教育・研究に深く関わっている東京大学大学院新領域創成科学研究科へと進学しています。

大学院修士課程修了後の進路は、博士後期課程への進学が半数程度、他が民間企業等への就職となっています。修士課程修了後の就職先は学生の個性にあわせて、アクシオヘリックス、イーピーエス、NTTデータ数理システム、グーグル、経済産業省、ジブラルタ生命保険、TIJK PTE、東レ、日本IBM、船井総合研究所、ベネッセ、マイナビ、みかど協和、みずほ銀行と多様ですが、大学院における世界最先端の研究や論文発表等の経験とともに、生物情報科学を通じて身につけられる「複雑な生の情報をコンピュータを駆使しつつ分析できる能力」を様々な分野から高く評価されることが多いようです。一方で、生物情報科学の専門により近い就職先については、新しい分野のため企業内部で人材育成を行う環境が整っていないことも少なくなく、博士号を取得し専門性を確かなものにしてから大学や研究機関での研究職、バイオ・製薬系企業での研究職、コンサルタント職などを幅広く検討する例が多いようです。

生物情報科学は日進月歩であるだけでなく人材が圧倒的に不足しています。つまり、皆さんにはこの分野の中心を担う人材となれる空前のチャンスが目の前に広がっていると言ってよいでしょう。生物情報科学科に進学を志す皆さんが勇気と情熱を持ってこの分野を開拓し、近い将来に国際的なリーダーとなっていくことを私たちは期待しています。